Pengadilan Agama Penajam sebagai lembaga peradilan yang melaksanakan fungsi kekuasaan kehakiman (yudikatif) dalam wilayah hukum Kabupaten Penajam Paser Utara mempunyai tugas pokok menerima, memeriksa, mengadili dan menyelesaikan perkara yang diajukan sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Nomor 50 Tahun 2009 perubahan kedua atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama.

Sebagai Pengadilan Tingkat pertama, Pengadilan Agama Penajam bertugas dan berwenang mengadili perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama dalam tingkat pertama.

Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, Pengadilan  Agama Penajam mempunyai fungsi sebagai berikut :

1	Fungsi Mengadili (judicial power), yaitu memeriksa dan mengadili perkara-perkara yang menjadi kewenangan pengadilan agama di wilayah hukum masing-masing ; (vide Pasal 49 Undang – Undang No. 7 Tahun 1989 jo. Undang – Undang No. 3 Tahun 2006) ;
2	Fungsi Pengawasan, yaitu mengadakan pengawasan atas pelaksanaan tugas dan tingkah laku Hakim, Panitera / Sekretaris, dan seluruh jajarannya (vide : Pasal 53 ayat (1) Undang – Undang No. 7 Tahun 1989 jo. Undang – Undang No. 3 Tahun 2006) ; Serta terhadap pelaksanaan administrasi umum. (vide : Undang – Undang No. 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman). Pengawasan tersebut dilakukan secara berkala oleh Hakim Pengawas Bidang;
3	Fungsi Pembinaan, yaitu memberikan pengarahan, bimbingan dan petunjuk kepada jajarannya, baik yang menyangkut tugas teknis yustisial, administrasi peradilan maupun administrasi umum. (vide : Pasal 53 ayat (3) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 jo. Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006) ;
4	Fungsi Nasehat, yaitu memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang hukum Islam pada instansi pemerintah di wilayah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam Pasal 52 ayat (1) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama ;
5	Fungsi Administratif, yaitu memberikan pelayanan administrasi kepaniteraan bagi perkara tingkat pertama serta penyitaan dan eksekusi, perkara banding, kasasi dan peninjauan kembali serta administrasi peradilan lainnya. Dan memberikan pelayanan administrasi umum kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Agama (Bidang Kepegawaian, Bidang Keuangan dan Bidang Umum) ;
6	Fungsi lainnya, yaitu pelayanan terhadap penyuluhan hukum, riset dan penelitian serta llain sebagainya, seperti diatur dalam Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI. Nomor : KMA/004/SK/II/1991 ;

Untuk dapat melaksanakan  pelayanan teknis Peradilan secara optimal,Pengadilan Agama Penajam mengacu pada Pola Bindalmin serta Indikator Kinerja Utama dan Standar Operasional Prosedur (SOP) dan diupayakan memenuhi standar reformasi birokrasi menuju tata kelola kepemerintahan yang baik, efektif, efisien, transparan dan akuntabel serta mudah diterapkan seiring dengan tuntutan perkembangan dinamika hukum dan masyarakat yang semakin dinamis dan  kompleks.

Selanjutnya Pengadilan Agama Penajam menetapkan Visi Misi yang termuat dalam Rencana strategis yang dijabarkan dalam rencana kegiatan tahunan, dibuat dalam tahapan-tahapan terencana dan terprogram melalui penataan, penertiban, perbaikan, pengkajian dan pengelolaan terhadap system, kebijakan dan peraturan perundang-undangan menuju pencapaian Visi Pengadilan Agama Penajam.