Secara de juris, Pengadilan Agama Penajam berdiri/lahir pada tanggal 26 April 2016 berdasarkan Keputusan Presiden RI. Nomor 13 Tahun 2016 Tentang Pembentukan Pengadilan Agama Nanga Bulik, Pengadilan Agama Sukamara, Pengadilan Agama Kuala Pembuang, Pengadilan Agama Kasongan, Pengadilan Agama Tamiyang Layang, Pengadilan Agama Pulang Pisau, Pengadilan Agama Kuala Kurun, Pengadilan Agama Penajam, Pengadilan Agama Sendawar, Pengadilan Agama Belopa, Pengadilan Agama Pasangkayu, Pengadilan Agama Malili, Pengadilan Agama Ampana, Pengadilan Agama Wangi-Wangi, Pengadilan Agama Lasusua, Pengadilan Agama Rumbia, Pengadilan Agama Lolak, Pengadilan Agama Bolaang Uki, Pengadilan Agama Boroko, Pengadilan Agama Tutuyan, Pengadilan Agama Sumawa, Pengadilan Agama Kwandang, Pengadilan Agama Dataran Hunipopu, Pengadilan Agama Dataran Hunimoa, Pengadilan Agama Namlea dan Pengadilan Agama Kaimana, namun secara de facto, Pengadilan Agama Penajam baru beroperasi pada tanggal 29 Oktober 2018.

Sebelum beroperasinya Pengadilan Agama Penajam, masyarakat Kabupaten Penajam Paser Utara mengajukan perkaranya di Pengadilan Agama Tanah Grogot. Untuk sementara, sejak operasinya tanggal 29 Oktober 2018 Pengadilan Agama Penajam menempati lantai I gedung milik pemerintah Kabupaten Penajam Paser Utara yang terletak di Jl. Provinsi KM. 8 Komplek Islamic Center Kelurahan Nipah-Nipah Kecamatan Penajam Kabupaten Penajam Paser Utara.

Pengadilan Agama Penajam akan membangun gedung perkantoran sendiri di atas tanah seluas 5.178 m² yang terletak di Jl. Provinsi KM. 8 Kelurahan Nipah-Nipah Kecamatan Penajam Kabupaten Penajam Paser Utara (sebelah kantor Badan Pusat Statistik) atas hibah Bupati Penajam Paser Utara bernama H. Andi Harahap. S.Sos., berdasarkan surat Keputusan Bupati Penajam Paser Utara Nomor : 552.3/262/2010 tanggal 20 Oktober 2010 tentang Penunjukan Lokasi Pembangunan Kantor Pengadilan Agama Kabupaten Penajam Paser Utara dan sertipikat Nomor 09 tanggal 10 Maret 2015.